Si Nagisa, isang batang empleyado na may malakas na pakiramdam ng hustisya na nagtatrabaho sa departamento ng accounting, ay kahina-hinala sa hindi maayos na pagpoproseso ng gastos ng kumpanya at nagsimulang ituloy ang usapin. Gayunpaman, sa likod ng mga eksena ng kumpanya, mayroong isang ipinagbabawal, top-secret na proyekto na tinatawag na "N Project". Si Nagisa ay tinawag para sa pagsasanay, at unti-unting sinanay ang kanyang isip at katawan ng mga lalaking upper echelons ng kumpanya.